Pokud sis stáhl rovnou MechJeb dvojku (souč. myslím v. 2.07), tak ta je vývojová - právě pro odhalení chyb.
Jednou z těch již odhalených, na nichž se pracuje, je právě problém s autolandingem, kdy při některých manévrech buď Mechjeb přestane jakkoli pracovat po normalizaci (po "nasměrování" na cíl), nebo při dokončení manévru (deorbitu), když má dojít ke kolmému sestupu. Jiná podobná chyba byla odhalena při autodocku, kdy po přiblížení na cca 2-10m, když je již dockovaná loď paralelně orientována, je dokončeno vystředění, a pak nedojde k přibližování.
Příčina je v obou případech asi stejná, oboje je problém v ovládání rychlosti (tahu).
Pokud je tomu tak (verzi jsi nenapsal), tak ve tvém případě je řešení toto: Přerušit autoland, dát nějaký (nemusíš plný) tah, aby se ti loď vertikálně pohybovala, a poté znovu zapnout autoland.
Pokud by tě zajímalo i řešení toho autodocku, tak tam je nejlepší prostě těch pár metrů dokončit ručně

Nebo, pokud máš verzi 2 a výše, tak ji nahraď starší.
Hodně o tomto a dalších problémech najdeš zde (stejně jako obě verze):
http://forum.kerbalspaceprogram.com/sho ... lot-v2-0-1 stejně jako rady a návody.